Referred journal papers

  1. Sudo H, Jimbo M, Nuida K, Shimizu K Secure Wavelet Matrix: Alphabet-Friendly Privacy-Preserving String Search for Bioinformatics. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, in press
  2. Naoki Matsuo, Natsuko Goda, Kana Shimizu, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota, Hidekazu Hiroaki, Discovery of Cryoprotective Activity in Human Genome-Derived Intrinsically Disordered Proteins. International journal of molecular sciences, 2018:19 (2), 401
  3. Shimizu K, Nuida K, Rätsch G, Efficient Privacy-Preserving String Search and an Application in Genomics. Bioinformatics, 2016:32(11): 1652-1661
  4. Shimizu K, Nuida K, Arai H, Mitsunari S, Attrapadung N, Hamada M, Tsuda K, Sakuma J, Hirokawa T, Hanaoka G, Asai K, Privacy-preserving similarity search for chemical compound databases. BMC Bioinformatics, 2015:16 (Suppl 18):S6
  5. Goda N, Shimizu K, Kuwahara Y, Tenno T, Noguchi T, Ikegami T, Ota M, Hiroak H, A method for systematic assessment of intrinsically disordered protein regions by NMR. International Journal of Molecular Sciences, 2015:16(7):15743-60
  6. Wijaya E, Shimizu K, Asai K, Hamada M, Reference-free Prediction of Rearrangement Breakpoint Reads. Bioinformatics, 2014: 27 (18): 2559-2567.
  7. Ito J, Tabei Y, Shimizu K, Tsuda K, Tomii K, PoSSuM: a database of similar protein-ligand binding and putative pockets. Nucleic Acids Res 2012 Database issue, 2012: D541-8
  8. Ito J, Tabei Y, Shimizu K, Tsuda K, Tomii K, PDB-scale analysis of known and putative ligand binding sites with structural sketches. Proteins, 2012: 80(3):747-63.
  9. Shimizu K, Tsuda K, SlideSort: All pairs similarity search for short reads. Bioinformatics, 2011: 27 (4): 464-470.
  10. Motono C, Nakata J, Koike R, Shimizu K, Shirota M, Amemiya T, Tomii K, Nagano N, Sakaya N, Misoo K, Sato M, Kidera A, Hiroaki H, Shirai T, Kinoshita K, Noguchi T, Ota M, SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins. Nucleic Acids Res 2011 Database issue, 2011: D487-93.
  11. Hirose S, Shimizu K, Noguchi T, POODLE-I: Disordered region prediction by integrating POODLE series and structural information predictors based on a workflow approach. In Silico Biology, 2010: 10, 0015
  12. Shimizu K, Toh H, Interaction between intrinsically disordered proteins frequently occurs in a human protein-protein interaction network. Journal of Molecular Biology, 2009: 392(5):1253-1265. Recommended by Faculty of 1000: (http://f1000.com/prime/1164197)
  13. Shimizu K, Muraoka Y, Hirose S, Tomii K, Noguchi T, Predicting mostly disordered proteins by using structure-unknown protein data. BMC Bioinformatics 2007, 8:78.
  14. Shimizu K, Hirose S, Noguchi T, POODLE-S: web application for predicting protein disorder by using physicochemical features and reduced amino acid set of a position-specific scoring matrix. Bioinformatics 2007, 23(17): 2337-2338.
  15. Hirose S, Shimizu K, Kanai S, Kuroda Y, Noguchi T, POODLE-L: a two-level SVM prediction system for reliably predicting long disordered regions. Bioinformatics 2007, 23(16): 2046-2053.
  16. Shimizu K, Adachi J, Muraoka Y, ANGLE: a sequencing errors resistant program for predicting protein coding regions in unfinished cDNA. J Bioinform Comput Biol 2006, 4(3): 649-664.

Referred conference papers

  1. Hiraku Morita, Nuttapong Attrapadung and Satsuya Ohata, Koji Nuida, Shota Yamada, Kana Shimizu, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai, Secure Division Protocol and Applications to Privacy-preserving Chi-squared Tests. In: Proceedings of The International Symposium on Information Theory and Its Applications 2018, to appear
  2. H Sudo, K Nuida, K Shimizu, An Efficient Private Evaluation of a Decision Graph, In: Proceedings of the International Conference on Information Security and Cryptology 2018, 143-160
  3. Nuttapong Attrapadung, Goichiro Hanaoka, Shigeo Mitsunari, Yusuke Sakai, Kana Shimizu, Tadanori Teruya, Efficient Two-level Homomorphic Encryption in Prime-order Bilinear Groups and A Fast Implementation in WebAssembly. In:Proceedings of the 2018 on Asia Conference on Computer and Communications Security(ASIA CCS 2018) pp685-697
  4. Heikkilä M, Lagerspetz E, Kaski S, Shimizu K, Tarkoma S, Honkela A Differentially private Bayesian learning on distributed data. In: Proceedings of the 31st Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2017) pp3226-3235
  5. Sudo H, Jimbo M, Nuida K, Shimizu K Secure Wavelet Matrix: Alphabet-Friendly Privacy-Preserving String Search for Bioinformatics. In: Proceedings of the International Conference on Genome Informatics 2017 (GIW 2017) (The paper will also be published in IEEE/ACM TCBB.)
  6. Teruya T, Nuida K, Shimizu K, Hanaoka G, On Limitations and Alternatives of Privacy-Preserving Cryptographic Protocols for Genomic Data. In: The 10th International Workshop on Security (IWSEC 2015) Advances in Information and Computer Security Volume 9241 of the series Lecture Notes in Computer Science pp 242-261
  7. Shimizu K, Muraoka Y, Hirose S, Noguchi T, Feature Selection Based on Physicochemical Properties of Redefined N-term Region and C-term Regions for Predicting Disorder. In: Proceedings of 2005 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology: 2005: 262-267.
  8. Sonoda T, Ikenaga T, Shimizu K, Muraoka Y, THE DESIGN METHOD OF MELODY RETRIEVAL SYSTEM ON PARALLEL-ZIED COMPUTERS. In: Proceedings of Web Delivering of Music 2002: 2002: 66- 73.
  9. Sonoda T, Ikenaga T, Shimizu K, Muraoka , A melody retrieval system on parallelized computers. In: Proceedings of International Workshop on Entertainment Computing 2002: 2002: 265-272.
  10. Shimizu K, Adachi J, Hayashizaki Y, Muraoka Y, Using Boosting to predict the protein coding region in cDNA with frame-shift errors. In: Proceedings of The 2002 International Conference on Mathematics and Engineering Techniques in Medicine and Biological Science: 2002.

Invited book chapter

  1. 清水 佳奈, 「個人ゲノム情報の活用とプライバシー保護」, プレシジョン・メディシン ~ビッグデータの構築・分析から臨床応用・課題まで~, エヌ・ティー・エス, 2018 (ISBN:978-4860435806)
  2. Shimizu K, POODLE: tools predicting intrinsically disordered regions of amino acid sequence. Protein Structure Prediction 3rd Edition. Springer, 2014, 1137:131-45

Patents

  1. 廣明 秀一, 松尾 直紀, 天野 名都子, 太田 元規, 清水 佳奈, タンパク質凍結保存用保護剤, 特願2014-033169, PCT/JP2015/50131
  2. Shimizu K , Hirokawa T, Tsuda K, Arai H, Sakuma J, Asai K, Hamada M, Hanaoka G, Nuida, K, Search System, Search Method and Program. Priority 2011-9-14, WO Patent 2013038698
  3. 清水 佳奈, 津田 宏治, 配列解析装置、配列解析方法およびコンピュータプログラム, 特願2010-156342

Invited talks

  1. Kana Shimizu, Privacy-aware computational genomics, SPIEZ Convergence 2018, September 13, 2018 Spiez, Switzerland
  2. Kana Shimizu, Privacy-preserving genome sequence search, 2016 International Workshop on Spatial and Temporal Modeling from Statistical, Machine Learning and Engineering perspectives (STM2016), July 23, 2016, Tokyo
  3. Shimizu K, Arai H, Nuida K, Hamada M, Tsuda K, Sakuma J, Hirokawa T, Hanaoka G, Asai K, Privacy-preserving search for a chemical compound database. ISMB/ECCB 2013 Oral Poster Presentations Track, Berlin Germany, July 21, 2013
  4. Shimizu K, Next generation sequencing data analyses by using ultra-fast all pairs similarity search. International Symposium on Single Biomolecule Analysis 2013, Kyoto Japan, Nov 2013

Talks at conferences (Selected list)

  1. Shimizu K, Nuida K, Rätsch G, Efficient Privacy-Preserving String Search and an Application in Genomics. High Throughput Sequencing Algorithms & Applications (HitSeq 2015), A SIG of ISMB/ECCB 2015, Dublin Irelands, July 11, 2015
  2. Shimizu K, Privacy Preserving Similarity Search in Biomedical Data by Homomorphic encryption, Biological Data Science, Cold Spring Harbor, November 8, 2014
  3. Shimizu K, Privacy-preserving search for a chemical compound database, ISCB-Asia/SCCG 2012, Shenzhen China, Dec 18, 2012
  4. Shimizu K, Tsuda K, SlideSort: Fast and exact algorithm for Next Generation Sequencing data analysis, ISMB/ECCB 2011 Highlights Track, Boston USA, July 18, 2011

Seminars (Since 2016)

  1. Shimizu K , Secure genome sequence search based on homomorphic encryption. HIIT seminaari, Helsinki Finland, August 26, 2016 Competitions
  2. Hirose S, Shimizu K, Inoue N, Kanai S, Noguchi T, Disordered region prediction by integrating POODLE series. In: Proceedings of the 8th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction: 2008: 14-15.
  3. Shimizu K, Hirose S, Inoue N, Kanai S, Noguchi T, POODLE: predicting protein disorder using machine-learning approaches. In: Proceedings of the 7th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction: 2006: 22-23.

Software

  1. PBWT-sec, available from https://github.com/iskana/PBWT-sec
  2. AistCrypt, available from https://github.com/aistcrypt/Lifted-ElGamal/blob/master/readme.md
  3. SlideSort, available from http://www.cbrc.jp/~shimizu/slidesort/index.php or https://github.com/iskana/SlideSort
  4. POODLE series, available from http://mbs.cbrc.jp/poodle/poodle.html
  5. ANGLE, available from http://www.cbrc.jp/~shimizu/index.php”

Posters (Selected list)

  1. Jimbo M, Sudo H, Mitsunari S, Nuida K, Shimizu K, Task3 : Secure Logistic Regression with Homomorphic Encryption. iDASH Privacy & Security Workshop 2017 (iDASH 2017), 14 October 2017
  2. Jimbo M, Sudo H, Nuida K, Shimizu K, An alphabet-friendly privacy-preserving string search. 16th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2016), 23, August, 2016
  3. Ishimaki Y, Shimizu K, Nuida K, Yamana H, Privacy-Preserving String Search for Genome Sequences using Fully Homomorphic Encryption. 37th IEEE Symposium on Security and Privacy (IEEE S&P 2016) 23 May 2016
  4. Shimizu K, Arai H, Nuida K, Hamada M, Tsuda K, Sakuma J, Hirokawa T, Hanaoka G, Asai K, Privacy-preserving search for a chemical compound database. ISMB/ECCB 2013
  5. Shimizu K, Tsuda K, SlideSort: Fast and exact algorithm for Next Generation Sequencing data analysis. ISMB2011
  6. Shimizu K, Tsuda K, Developing an exact method to find similar pairs with small edit-distance. ISMB2010
  7. Shimizu K, Hiroyuki T, Fukui K, Estimating the genome-wide preference of interaction between disordered proteins in a human protein-protein interaction network. ISMB 2009
  8. Shimizu K, Hirose S, Noguchi T, POODLE-W: Predicting mostly disordered proteins by using a spectral graph transducer. ISMB2007
  9. Shimizu K, Muraoka Y, Predicting the Protein Coding Region in cDNA with Frame Shift Errors by Using a Classifier Based on Boosting. ISMB 2004

Academic service

  1. International Society for Computational Biology (ISCB), The affiliates committee, Since 2011
  2. Genome Informatics Workshop, Program Committee, 2018.12
  3. The Workshop on Algorithms in Bioinformatics 2018, Program Committee, 2018.8
  4. The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference, Program Committee, 2018.3
  5. The Workshop on Algorithms in Bioinformatics 2017, Program Committee, 2017.8
  6. Private and Secure Machine Learning, ICML 2017 Workshop, General Co-chair, August 11, 2017
  7. The Workshop on Algorithms in Bioinformatics 2016, Program Committee, 2016.8
  8. PRIVAGEN 2015, General Co-chair, September 8, 2015
  9. 文部科学省 科学技術・学術政策研究所 科学技術予測センター(NISTEP) 平成30年度専門調査員
  10. IPSJ-ONE, 実行委員, 2019.3
  11. IPSJ-ONE, 実行委員, 2018.3
  12. 情報処理学会第80回全国大会, 実行委員, 2018.3
  13. NGS現場の会 世話人, 2017.5
  14. 第5回生命医薬情報学連合大会, BoF: 「ゲノムは個人情報?どのように扱うのが適切か?part 2」−個人情報保護改正法の対象となった遺伝情報をどのように扱っていくのか−, オーガナイザー, 2016年9月29日
  15. 第5回生命医薬情報学連合大会, 2016年9月29日−10月1日 2016, 実行委員
  16. 生命医薬情報学連合大会 2015, JSBi企画セッション:「ゲノムは個人情報?どのように扱うのが適切か?」−個人情報保護法改正に伴う遺伝情報の取り扱いに関する意見交換会−, オーガナイザー, 2015年10月29日
  17. 日本ユーザビリティ医療情報化推進協議会 ゲノムが作る新たな医療推進委員会, 委員, 2015.8−至現在
  18. 日本バイオインフォマティクス学会, 監事, 2012年度, 2017年度−2018年度
  19. 日本バイオインフォマティクス学会, 理事, 2010年度−2011年度
  20. 日本バイオインフォマティクス学会, 幹事, 2010年度−2011年度

Awards

  1. 花岡 悟一郎,清水 佳奈,縫田 光司,平成30年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 科学技術賞(研究部門),2018年4月17日
  2. Hiroki Sudo, Masanobu Jimbo, Koji Nuida and Kana Shimizu, 第5回生命医薬情報学連合大会 研究奨励賞(「Secure String Pattern Match Based on Wavelet Matrix」), 2016年10月1日
  3. 花岡 悟一郎,清水 佳奈,縫田 光司,照屋 唯紀,Attrapadung Nuttapong,松田 隆宏,浜田 道昭,津田 宏治,浅井 潔, 平成27年度産総研理事長賞(研究)(「高機能暗号とデータベースの秘匿検索技術の開発」)2016年4月1日
  4. 清水 佳奈, 縫田 光司, Gunnar Rätsch, 生命医薬情報学連合大会2015年大会 最優秀口頭発表賞(「Efficient Privacy-Preserving Genomic Sequence Search」), 2015年10月31日
  5. 清水 佳奈, 縫田 光司, Gunnar Rätsch, 生命医薬情報学連合大会2015年大会 研究奨励賞(「Efficient Privacy-Preserving Genomic Sequence Search」), 2015年10月31日
  6. 照屋 唯紀, Nuttapong Attrapadung, 稲村 勝樹, 松田 隆宏, 中川 紗菜美, 縫田 光司, 花岡 悟一郎, 清水 佳奈, コンピュータセキュリティシンポジウム2014(CSS2014)優秀デモンストレーション賞(「範囲指定型問い合わせに対する効率的なデータベース秘匿検索プロトコル」), 2014年10月23日
  7. 縫田 光司, 照屋 唯紀, 花岡 悟一郎, 松田 隆宏, 矢内 直人, 中川 紗菜美, 清水 佳奈, コンピュータセキュリティシンポジウム2013(CSS2013)優秀デモンストレーション賞(「双方向の情報を秘匿可能な効率的化合物データベース検索プロトコル」), 2013年10月22日
  8. Kentaro Tomii, Jun-ichi Ito, Yasuo Tabei, Kana Shimizu, Koji Tsuda, 生命医薬情報学連合大会2012年大会 ベストポスター賞(「PoSSuM: A Database for Predicting Protein-Ligand Interactions」), 2012年10月17日

Awards for students

  1. 飯野 翼, 情報処理学会第80回全国大会 大会奨励賞(「タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム」), 2018年3月
  2. 飯野 翼, 情報処理学会第80回全国大会 学生奨励賞(「タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム」), 2018年3月
  3. 須藤 弘貴, 第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム 学生プレゼンテーション賞 (「LOUDSと準同型暗号による秘匿決定木評価」), 2017年3月
  4. 須藤 弘貴, 神保 元脩, 第5回生命医薬情報学連合大会 研究奨励賞(「Secure String Pattern Match Based on Wavelet Matrix」), 2016年10月1日

国内の登壇した講演(2015年以降, 抜粋)Talks in Japanese

依頼/招待

  1. 清水 佳奈,“準同型暗号による生命情報の秘匿検索”, 情報セキュリティにおける数学的方法とその実践, 2016年12月19日, 札幌
  2. 清水佳奈, “A computational prediction method for protein intrinsic disorder, and its use case”, ラン藻ゲノム交流会 2016, 2016年6月25日, 東京
  3. 清水佳奈,“秘匿ゲノム検索”, IPSJ-ONE (情報処理学会全国大会),2016年3月12日, 東京
  4. 清水佳奈, “生命情報科学におけるプライバシ保護検索”,京都大学 iPS研究所セミナー,2015年12月24日, 京都
  5. 清水佳奈,“秘匿ゲノム検索”, CRISMATH 2015(第7回 暗号及び情報セキュリティと数学の相関ワークショップ), 2015年12月21日, 東京 一般
  6. 清水佳奈, 縫田光司, Gunnar Rätsch,“Efficient Privacy-Preserving Genomic Sequence Search”, 生命医薬情報学連合大会 2015, 2015年10月30日, 京都

その他(2015年以降)

  1. 山本奈津子,川嶋実苗,清水 佳奈,片山俊明,荻島創一 “<続>改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?” 実験医学 2018年8月号 Vol.36 No.13, p2260-2268, 2018年8月
  2. 清水 佳奈, 山本奈津子,川嶋実苗,片山俊明,荻島創一 “改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?ー個人識別符号・要配慮情報としてのゲノムデータ” 実験医学 2017年3月号 Vol.35 No.4, p600-605, 2017年3月
  3. 飯野 翼,大上 雅史,秋山 泰,清水 佳奈,タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム, 情報処理学会第80回全国大会,2018年3月
  4. 山田 太樹,清水 佳奈, 高速に類似文字列ペアを発見するビット並列フィルター,情報処理学会第80回全国大会,2018年3月
  5. 小久保 剛基, 清水 佳奈,堅牢かつ有用なDNAストレージシステム設計のためのデータ変換法の比較,情報処理学会第80回全国大会,2018年3月
  6. 須藤 弘貴, 清水 佳奈,LOUDSと準同型暗号による秘匿決定木評価,第9回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム,2017年3月
  7. Hiroki Sudo, Masanobu Jimbo, Koji Nuida and Kana Shimizu, “Secure String Pattern Match Based on Wavelet Matrix”, 第5回生命医薬情報学連合大会, 2016年9月30日(口頭発表)
  8. Masanobu Jimbo, Hiroki Sudo and Kana Shimizu. “Towards Secure Matchmaker Exchange, Secure Similarity Evaluation Using Minhash.”, 第5回生命医薬情報学連合大会, 2016年9月30日(ポスター発表)
  9. 清水 佳奈, “生命情報科学におけるプライバシ保護検索” 日本シミュレーション学会学会誌:シミュレーション (小特集: エネルギーシミュレーションとデータ解析), 第35巻 第1号 p26-31
  10. 石巻 優, 清水 佳奈, 縫田 光司, 山名 早人, “完全準同型暗号を用いた高速なゲノム秘匿検索”, 2016年暗号と情報セキュリティシンポジウム(SCIS2016)予稿集, 電子情報通信学会 (電子媒体), 2016年1月

Media

  1. 日本経済新聞(2面、夕刊)「ゲノム医療 科学者が支える」2017.6.21
  2. 日刊工業新聞(21面)「化合物データ 暗号化したまま検索」2011.11.2
  3. 化学工業日報(9面)「類似化合物 暗号化したまま検索」2011.11.2
  4. A Search Technology for Databases of Compounds Using Secure Computation / 秘密計算による化合物データベースの検索技術, 2011.11.1